Entre 1662 e 1680 construiu-se uma igreja para sede da Confraria de Santo António de Lisboa, instalada na Capela de Santo António do Penedo. No entanto, a igreja e os terrenos em volta são doados à Congregação de S. Filipe de Nery dos Clérigos Reformados do Oratório que reformulam a construção, entre 1694 e 1703 e acrescentam um edifício para convento. É das janelas deste convento, com vista sobre a praça de D. Pedro (praça da Liberdade), que os frades assistiram ao enforcamento e decapitação dos mártires da liberdade, em 1829, ao mesmo tempo que brindavam com vinho do Porto e pão-de-ló “a D. Miguel e à santa religião”.

Durante o cerco do Porto, o templo serviu de armazém de material bélico e de hospital.

Com a extinção das ordens religiosas (1834), o convento, a sacristia e a torre foram vendidos a um particular. A igreja é devolvida à Irmandade dos Congregados, por decreto real, em 1836, procedendo-se ao seu restauro interior. A torre foi demolida em 1842.